MegaMan NT Warrior

3. Copyroid

Famous hỗ trợ Makoto sản xuất CopyBot (gọi là "Copyroid" trong tiếng Nhật), robot cho phép NetNavi tương tác ở thế giới thực. Tuy nhiên, khi hoàn thành, Zoano Punk xuất hiện, ép Makoto chế thêm CopyBot cho quân đội của hắn. Lan và Chaud biết điều này, hỗ trợ Famous giải cứu Makoto nhưng không trước khi xe tải đầy CopyBot được giao cho quân đội Falzar. Trong khi đó Trill "lớn lên", có khả năng nói sau giấc ngủ dài.

4. Còi sương gọi ma

NetSaver nhận tin về chiến hạm ma nên Lan điều tra. Con tàu đang bị Zoano FlameMan điều khiển, người lên kế hoạch dùng nó để phá hủy kho trên đảo, nơi CopyBot của Falzar đang được giữ. MegaMan chiến đấu với FlameMan nhưng Trill, người khăng khăng cho MegaMan thấy mình không sợ ma, cản đường.

5. Màn hình hoành hành

Yai đã chuyển trở lại Thành phố DenTech, để chiêu đãi bạn bè, cô đưa chúng đến triển lãm động vật hologram vẫn đang xây dựng. Tuy nhiên, triển lãm trục trặc, bọn trẻ bị động vật vườn thú biến dạng đuổi. NetNavi được cắm vào để ngăn mớ hỗn độn nhưng vết nứt trong không gian được tiết lộ, mang virus quái thú tiền sử từ thế giới Beyondard đến đe dọa anh hùng.

6. Âm mưu cải tạo Navi

Chaud đến Netopia để khám phá nhà máy quân sự, nơi BubbleMan bị Colonel giam. Ở đó, cậu gặp cô gái trẻ bí ẩn. Trong khi đó, Zoano PharaohMan đang bắt NetNavi, biến chúng thành tín đồ của Gregar, kể cả Zoano SparkMan. MegaMan can thiệp, biến hình với Trill thành Gregar Style để đánh bại Zoanoroid nhưng kết quả mất kiểm soát cơ thể, trốn vào NetCity.

7. Bắt Rockman!

Bạn của Lan cùng nhau cố khuất phục Gregar MegaMan đang hoành hành qua NetCity. Trong khi đó, cô gái bí ẩn xuất hiện trước Lan hỏi về Trill rồi biến mất. Sau đó, ánh sáng lạ hình thành trên MegaMan, tách cậu khỏi Trill trước khi Trill cũng biến mất. NetNavi lạ cố đưa Trill trở về Beyondard nhưng cậu từ chối, ProtoMan xuất hiện để giải cứu cả hai khỏi Zoano PharaohMan. ProtoMan đưa Trill trở lại MegaMan.

8. Học sinh chuyển trường mắt xanh

Cô gái bí ẩn thành học sinh trong lớp của Lan, tên cô là Iris. Trong khi đó, Zoano NumberMan xuất hiện, giả làm NumberMan của Higsby để tham gia bạn bè thăm MegaMan (người vẫn đang hồi phục sau thiệt hại tập trước). Khi NumberMan thật đến, cả hai bắt đầu chiến đấu cho đến khi NumberMan thật được tiết lộ, kẻ mạo danh trốn thoát.

9. Trái tim băng

Trong lúc chơi ở NetCity, IceMan gặp Zoanoroid ngã xuống là FreezeMan, bị thương từ trận chiến chống Zoano StoneMan. FreezeMan đang cố chế thiết bị liên lạc cho Falzar, IceMan đồng ý giúp lấy nó. Khi trở về, cậu thấy FreezeMan đang chiến đấu với StoneMan, cố bảo vệ bạn mới nhưng FreezeMan hy sinh mạng sống để bảo vệ IceMan. Cả hai Zoanoroid ngã xuống, IceMan xây mộ tưởng niệm cho bạn đã khuất.

10. Nhắm vào Trill

Lan và Maylu thăm Tiến sĩ Hikari, người đang thực hiện điều tra biển sâu. Zoano GateMan của Falzar và Zoano QuickMan của Gregar xuất hiện, cả hai tìm cách bắt Trill. QuickMan chiến đấu với MegaMan trong lúc GateMan bẫy Tiến sĩ Hikari và Maylu dưới nước, đe dọa mạng sống của chúng nếu Trill không được giao. QuickMan bị đánh bại nhưng GateMan bắt Trill, bạn của Lan không được tha. MegaMan và Trill hợp nhất lần nữa, Beast-MegaMan tấn công GateMan.

11. SOS đáy biển

Zoano LarkMan được cử đến giúp GateMan, hắn chuyển sự chú ý sang Iris, người đã xuất hiện trên tàu với Lan. Trong khi đó, Beast-MegaMan tiếp tục chiến đấu với GateMan cho đến khi Zoanoroid cuối cùng bị xóa. Khi LarkMan chuẩn bị đánh bại Lan và Iris, Chaud đến hiện trường, chiến đấu với Zoanoroid bằng CrossFusion. Do đó, mọi người được cứu, Tiến sĩ Hikari và Maylu được đưa trở lại từ đáy biển.

12. Bí mật của Trill

NetSaver quyết định bắt NetNavi nữ bí ẩn để lấy thông tin, Trill được dùng làm mồi nhưng Zoano SnakeMan của Falzar và Zoano GutsMan của Gregar quyết định cũng cố bắt Trill. Bạn của MegaMan chiến đấu với Zoanoroid để bảo vệ Trill trong lúc Chaud truy lùng Iris để có câu trả lời. Iris và Trill xuất thân từ Beyondard, thế giới bị xé nát bởi cuộc chiến giữa Gregar và Falzar, quái thú mạng huyền thoại. Chìa khóa để khôi phục Beyondard nằm trong Trill, "Synchronizer".

13. Synchronizer

Zoano SnakeMan và Zoano GutsMan bị khuất phục nhưng Zoano DarkMan được lệnh tự mình bắt Trill. Anh hùng bị áp đảo bởi sức mạnh của hắn nhưng NetNavi của Iris có thể hỗ trợ bảo vệ Trill, cô cẩn thận chứa cậu trong PET của Iris. Tuy nhiên, khi xuất hiện ở thế giới thực với CopyBot, DarkMan bắt Iris, dùng thiết bị mở cổng đến Beyondard ở thế giới thực, Lan, Chaud, Raika, Dingo và Maylu được dịch chuyển đến đó với hắn.

14. Beyondard 2

Iris dịch chuyển Trill khỏi PET của mình đến đâu đó ở Beyondard, nơi DarkMan không thể lấy cậu. Trong khi đó, bọn trẻ tỉnh dậy ở Beyondard, thế giới nơi cả thế giới con người và mạng là một, NetNavi và virus có thể tương tác trực tiếp với con người. Maylu và Chaud đoàn tụ, Dingo và Raika cũng vậy nhưng Lan bị bỏ lại một mình. Cậu gặp Baryl và Colonel; chúng là phiên bản Beyondard của cơ thể gốc, không biết Lan. Khi Zoano SnakeMan xuất hiện tìm Trill, MegaMan hiện hình, đánh bại hắn.

15. Vương quốc đường sắt

Maylu và Chaud gặp người soát vé tên Al Ferry, người điều khiển NetNavi chủ đề tàu ChargeMan. Ông sống ở làng nơi mạng lưới đường sắt thịnh vượng. Tuy nhiên, Zoano JunkDataMan đã đe dọa làng bằng cách ăn đường ray, hắn cử virus gây thêm rắc rối. Chaud và Maylu đề nghị giúp đỡ, ProtoMan hiện hình để chiến đấu với JunkDataMan.

16. Nấu ăn là tình yêu!

Lan đến làng chài, nơi cậu gặp cậu bé tên Mick, giải cứu cậu khỏi virus. Mick đưa Lan về nhà để thưởng thức bữa ăn do đầu bếp tài năng Pat Fahran nấu. Pat có quá khứ đen tối khi tàu sang trọng cô làm việc bị Zoano WhaleMan đánh chìm, cô là người sống sót duy nhất. Khi Zoano WhaleMan xuất hiện tấn công làng lại, cô tìm cách trả thù với NetNavi SlashMan của mình. Lan cũng đoàn tụ với Trill.

17. Fuuten Roushi

Raika và Dingo gặp ông già tên Feng Tian, người tuyên bố biết vị trí của Lan. Tuy nhiên, tính cách du côn của ông chỉ gây rắc rối cho bộ đôi. Trong khi đó, phiên bản Beyondard của Viddy và VideoMan quấy rối người dân Amita, ngôi làng chúng kiểm soát nên Raika và Dingo chống lại chúng. Feng Tian cũng giúp một tay với NetNavi TenguMan của riêng mình. Cuối cùng, Raika và Dingo đoàn tụ với Lan.

18. Tảng đá thép

Trong lúc tìm Lan, Maylu và Chaud gặp Moliarty và Press, NetOp của GroundMan và DustMan. Chúng được phiên bản Beyondard của Cô Millionaire thuê để đào qua núi đá tìm vật quý ở phía bên kia. Maylu và Chaud đề nghị giúp việc đào khó khăn. (Đây là tập duy nhất trong toàn bộ franchise mà cả Lan và MegaMan đều không xuất hiện.)

19. Bí mật của hồ

Trong lúc tìm nguyên liệu cho cà ri của Pat, Dingo và Trill gặp DiveMan, theo cậu đến lâu đài hồ gần đó. Bên trong, chúng phát hiện hai con người là Thuyền trưởng Blackbeard và Yuika đang hợp tác với Zoano DarkMan, đã bắt Iris làm tù nhân. Dingo và Trill xâm nhập lâu đài với hy vọng giải cứu Iris nhưng chúng phải chiến đấu với NetNavi CircusMan của Yuika. Cuối cùng, Iris được giải cứu.

20. Phòng thí nghiệm Vùng Chiều

Iris thúc bạn bè đến Phòng thí nghiệm Vùng Chiều, chúng nghe theo. Tuy nhiên, dọc đường, Zoano JapanMan xuất hiện, khiến hành trình khó khăn cho bọn trẻ nhưng NetNavi của chúng hiện hình, chiến đấu. Iris bị hư hại trong trận chiến, được tiết lộ chỉ là CopyBot. Đến phòng thí nghiệm, bọn trẻ gặp hình ảnh hologram của Tadashi, phiên bản Beyondard của ông nội Lan. Ông giải thích quá khứ của Beyondard trước khi bọn trẻ phát hiện Baryl bị chiến tranh tàn phá ngoài phòng thí nghiệm.

21. Falzer xâm lược!

Cuộc xâm lược do Zoano CloudMan của quân đội Falzar dẫn đầu để phá hủy Phòng thí nghiệm Vùng Chiều. MegaMan, Roll và TomahawkMan hiện hình để chống trả trong lúc Chaud và Raika điều khiển hệ thống phòng thủ của phòng thí nghiệm chống quân đội. Tuy nhiên, quái thú vĩ đại Falzar xuất hiện trước anh hùng nên MegaMan Beast Out để trả đũa. Sau trận chiến, bọn trẻ được Colonel độc ác tiếp cận, đe dọa chúng nhưng Iris xua hắn bằng năng lượng của mình.

22. Cậu bé gọi là Tử thần

Trên đường đến Phòng thí nghiệm Wily, Lan và bạn bè bị Zoano CutMan tấn công nhưng NetNavi bí ẩn EraseMan xuất hiện để tự mình xóa CutMan. EraseMan do cậu bé bí ẩn tên Dark Scythe điều khiển, người dường như có liên hệ với phiên bản Beyondard của Maysa. Trong khi đó, các em trai của CutMan vạch kế hoạch trả thù Scythe bằng cách bắt Maysa làm con tin.

23. Cơn thịnh nộ của Colonel

Colonel đã thành Zoanoroid, bắt đầu hoành hành các thành phố, bọn trẻ gặp hắn trên hành trình đến Phòng thí nghiệm Wily. Colonel cố bắt Trill nhưng bọn trẻ chống trả. Trong khi đó, Zoanoroid bắt đầu xâm lược Thành phố DenTech, Tiến sĩ Hikari tập hợp lại Thành viên CrossFusion để trả đũa.

24. Phòng nghiên cứu Wily

Khi Gregar và Falzar xuất hiện, bắt đầu chiến đấu, Blackbeard và Yuika (những người làm việc cho Wily của Beyondard) thành công bắt Trill. Falzar ngã trước Gregar, Wily dùng Trill làm synchronizer để hợp nhất cả hai quái thú thành một. Tạo ra Siêu Quái thú Mạng Grezar, dùng nó làm vật chứa, Wily bắt đầu hủy diệt cả hai thế giới.

25. Ánh sáng vượt trội

Thành viên CrossFusion tiếp tục xử lý mối đe dọa Zoanoroid ở Thành phố DenTech. Trong khi đó, nhiều cư dân Beyondard cố chống lại Wily nhưng đều thất bại. Cuối cùng, để đánh bại Wily, Trill và MegaMan hợp sức mạnh, Lan thực hiện Cross Fusion, hợp nhất thành "Juuka Style" mới. Với sức mạnh tối thượng này, Lan có thể hủy diệt Wily, đóng cổng giữa cả hai thế giới. Với hòa bình được khôi phục, Lan và bạn bè trở về nhà nhưng không trước khi nói lời tạm biệt với bạn mới Trill và Iris.