MegaMan NT Warrior

3. Mối đe dọa của tiểu hành tinh

BlazeQuest phát hành mẫu PET mới gọi là Progress PET. Trong khi đó, khi quay quảng cáo cho BlazeQuest, Lan gặp Inukai, người giữ vườn thú ngược đãi động vật. Khi Inukai gặp rắc rối, sự thất vọng của hắn thu hút Slur, hắn được trao Asteroid SavageMan để trả thù. Asteroid NetNavi có thể xuất hiện ở thế giới thực mà không cần Vùng Chiều, gây vấn đề với Lan và Chaud nhưng Tiến sĩ Wily giúp sản xuất Máy tạo Vùng Chiều, cho phép Sci-Labs tạo chúng theo lệnh.

4. Ngày tưởng niệm salad!?

Mameo, cậu bé học trường của Lan, ghét rau. Slur nhắm vào cậu, trao Asteroid VineMan, người có thể giúp hủy diệt mọi rau trên thế giới. Điều này khiến Lan tức giận vì rau là thành phần nổi bật trong cà ri nên Lan và Chaud truy lùng Mameo. Tuy nhiên, VineMan phản bội Mameo nên Lan và Chaud phải giải cứu cậu khỏi chính NetNavi của mình.

5. Bay trên bầu trời, tên vô lại tán tỉnh!

Trong lúc điều tra vụ án NetSaver, Lan để ý phi công trực thăng Charlie Airstar ở hiện trường vụ án. Lan cho rằng Charlie là thủ phạm nhưng Charlie thực ra đang tự mình truy lùng tội phạm thật: giám đốc mạng DNN là Sunayama (thậm chí còn dám theo Sunayama đến trường của Lan). Sunayama dùng Asteroid DesertMan để chống trả nhưng MegaMan và ProtoMan hợp sức với GyroMan của Charlie để ngăn hắn.

6. Hoảng loạn đá!

Yui vụng về nhận Asteroid StoneMan, người cho cô sức mạnh biến bất cứ gì cô chạm vào thành đá. Hoảng loạn, Yui sớm biến toàn bộ khu phức hợp kinh doanh và mọi người bên trong thành tượng. Lan, người đang trả lại món đồ Yui đánh mất, gặp vấn đề, chiến đấu với StoneMan qua Cross Fusion khi Yui hoảng loạn cắm Chip Chiều.

7. Đua xe Navi!

Lan và Chaud đại diện BlazeQuest trong cuộc đua xe, nơi NetNavi điều khiển xe đua ở thế giới thực, có vài tranh cãi hài hước trong quá trình. Người tham gia khác là Rei Saiko đã bí ẩn tiến lên trong giải đấu nhờ NetNavi mới của Rei là Asteroid FlashMan, người đã gian lận trong các cuộc đua. MegaMan và ProtoMan bắt quả tang FlashMan, buộc phải chiến đấu với hắn bằng Cross Fuse nhưng Rei trốn thoát trước khi bị bắt.

8. Gọi Colonel!

Lan và Chaud được dẫn đến Netopia để điều tra nhiễu virus lạ gần trung tâm nghiên cứu. Ở đó, ảo ảnh hologram kỳ lạ của quá khứ xuất hiện, virus từng được tin là tuyệt chủng tấn công ở thế giới thực. MegaMan và ProtoMan cũng bị tấn công nhưng được NetNavi tên Colonel giải cứu. Sau sự cố, Chaud nhận Huy hiệu của Duo, cậu quyết định tiếp tục điều tra ở Netopia trong lúc Lan trở về nhà.

9. Hồi sinh! Neo WWW

Con gái của Ông Gauss là Tesla thông báo thành lập tổ chức tội phạm mạng mới tên Neo WWW, nhiệm vụ đầu tiên của chúng là giải cứu Ông Gauss bị giam. Lan và NetSaver cố can thiệp nhưng với sự giúp đỡ của Inukai, Rei và Sunayama, những người đều đã gia nhập Tesla, Ông Gauss được giải cứu, Tesla thành người điều khiển mới của MagnetMan.

10. Rhapsody hồng

Khi nhà biên kịch phim Viddy Narcy nổi giận vì bị chỉ trích tác phẩm mới nhất, Slur trao hắn Asteroid VideoMan. Với sự giúp đỡ của VideoMan, Viddy bắt đầu sơn thành phố màu hồng, kể cả một phần mặt của Lan. Lan hợp sức với Charlie để truy lùng Viddy, bằng cách tạo GyroSoul với GyroMan, VideoMan bị đánh bại. Nhưng khi Viddy trốn thoát, hắn gặp Sunayama, người đề nghị hắn vị trí trong Neo WWW.

11. Rừng bê tông

Inukai bắt đầu tấn công bằng cách biến ô tô khắp Thành phố DenTech thành thú hoang. Lan và Famous điều tra tình huống, MegaMan đi chiến đấu với SavageMan nhưng gặp cả bốn NetNavi Neo WWW cùng lúc. Colonel tái xuất, giải cứu MegaMan cuối cùng.

12. Cà ri Jawaii và Tomahawk

Trong lúc thăm Dex ở Jawaii, Lan gặp Dingo, người cùng yêu cà ri. Hai người nhanh chóng thành đối thủ, Lan thách đấu cậu NetBattle với TomahawkMan. Trong khi đó, Viddy lên kế hoạch chôn cả đảo dưới làn sóng sốt cà ri khổng lồ nên Lan và Dingo xâm nhập phi thuyền cá khổng lồ của hắn để ngăn hắn với chút giúp đỡ từ Dex, người bị Viddy bắt cóc để làm sốt cà ri.

13. Jasmine

Lan gặp cô gái tên Jasmine từ đất nước Choina. Để hoàn thành huấn luyện làm dược sĩ, Jasmine tìm hoa hiếm, Lan đồng ý giúp cô. Tuy nhiên, người đàn ông tên Bengel ở công ty thuốc hy vọng ăn cắp thuốc mà Jasmine đang pha chế nên hắn bắt cóc Jasmine, đe dọa xóa NetNavi Meddy của cô nếu cô không từ bỏ bí mật. Lan và MegaMan xoay sở giải cứu cả hai khỏi tình huống nguy hiểm.

14. Bubble GoGoGo!

BubbleMan trở lại, lần này, hắn tìm kho báu hiếm ẩn sâu trong internet. Hắn hợp sức với IceMan và SpoutMan để thực hiện nhiệm vụ nhưng MegaMan và Roll bám sát để giữ NetNavi trẻ khỏi rắc rối. MagnetMan cũng theo đuôi nhóm, hy vọng giành kho báu cho mình.

15. Phát minh băng... bạn nói?!

Chaud hợp sức với Raoul và ThunderMan để điều tra NetNavi mất tích ở Netopia. Chúng truy tội ác đến Ivan Chilliski, người được trao Asteroid FridgeMan để thực hiện tội ác. Chaud và Raoul lừa hắn lộ diện bằng cách giả làm kẻ phản diện đội tóc giả afro từ Axess, Chaud dùng CrossFusion để chiến đấu với FridgeMan.

16. Chế độ ăn trọng lực kinh hoàng!

Mac và Harry, hai tên tội phạm mà Manuela đang truy đuổi, nhận Asteroid GravityMan, để trả thù Manuela, chúng dùng hắn thay đổi trọng lực, khiến Manuela tin mình đang tăng cân. Kết quả, Manuela bị ám ảnh nhu cầu ăn kiêng, tập thể dục. Tuy nhiên, Mac và Harry vô tình xuất hiện trong tàu ngầm với NetSaver trong lúc kiểm tra virus, chúng mất kiểm soát NetNavi. Raika tái gia nhập dàn diễn viên cuối cùng.

17. Dark Chip lại nữa

DarkChip bắt đầu lan qua Thành phố DenTech lại nên Lan bắt đầu điều tra ở nhà máy để bắt thủ phạm phân phối chip. Cậu gặp Inukai và Rei, những người vượt qua cậu trong trận chiến. Tuy nhiên, Raika tái xuất, giờ dùng CrossFusion để vượt qua thành viên Neo WWW.

18. Kiếm và samurai

Lan và Raika điều tra sự biến mất của vũ khí cổ bị đánh cắp từ bảo tàng, Raika nghi ngờ người bạn cũ Iriya có thể đang điều khiển Asteroid JapanMan, kẻ chịu trách nhiệm tội ác. Tuy nhiên, Iriya có thể vô tội khi cậu cố bảo vệ Raika khỏi JapanMan. Lan và Raika xóa JapanMan, đưa Iriya tỉnh táo trở lại. Trước khi trở về Sharo, Raika nhận Huy hiệu của Duo.

19. Vụ nổ mang hạnh phúc

Asteroid MoltanicMan được trao cho tên tội phạm nhưng sau sự cố, MoltanicMan bị chiến tranh tàn phá trôi qua internet, thấy mình trong PET của nhà chế tạo pháo hoa trẻ Fyrefox. Fyrefox vui mừng có NetNavi sau khi mất của mình, tình bạn của Fyrefox dần lung lay MoltanicMan khỏi cái ác. Tuy nhiên, NetOp gốc của MoltanicMan tái xuất, không chịu từ bỏ đối tác tội phạm cho Fyrefox.

20. Kỳ nghỉ bão

Lan và Tiến sĩ Hikari thăm Đảo Taneka để giúp phóng vệ tinh. Trong khi đó, Tesla cũng thăm đảo, lên kế hoạch cướp vệ tinh. Trước cuộc tấn công, cô gặp Charlie, người nhanh chóng phải lòng cô, hai người phát triển mối quan hệ tán tỉnh. Tuy nhiên, khi Charlie phát hiện cô gái thực ra là Tesla của Neo WWW, cậu vội đến vệ tinh để ngăn cuộc tấn công của cô.

21. Con gái của Tiến sĩ Wily

Misaki cuối cùng tỉnh dậy sau hôn mê mà Dark ProtoMan gây ra khi kết thúc Axess nhưng cậu buồn khi biết Cô Yuri không bao giờ được tìm thấy. Trong khi đó, Colonel đối mặt Slur nhưng bị hư hại khủng khiếp nên được đưa vào Sci-Labs để hồi phục. Trước khi bị thẩm vấn, cậu lại biến mất. Trở lại bệnh viện, Asteroid BlasterMan tấn công, Misaki dùng PrismMan để đối đầu hắn. Khi bị dồn, Misaki được giải cứu bởi không ai khác là Cô Yuri, người dùng CrossFusion để đánh bại BlasterMan.

22. Dekao, bánh cà ri

Dex đã trở lại Thành phố DenTech, từ bỏ giấc mơ thành NetBattler mạnh nhất, giờ đón nhận cuộc sống làm đầu bếp cà ri. Dingo cũng chuyển đến DenTech để làm cho quán cà ri của WWW gốc. Trong khi đó, Sunayama và DesertMan cùng nhau trong âm mưu mới nhất nhưng Yahoot, Dex và Dingo cùng nhau ngăn hắn.

23. Nihao! Ẩn sĩ mạng

Lan và Dex đến Choina với hy vọng tìm thuốc cho gấu trúc ốm ở vườn thú của DenTech. Ở đó, chúng gặp Cardamom, ông của Jasmine. Trong khi đó, nhiều người ở Choina muốn ăn cắp bí mật thuốc của Cardamom nên Lan và Dex hợp sức với Jasmine để ngăn kẻ phản diện.

24. Narcy nghỉ hưu

Yai tổ chức cuộc thi thiết kế NetNavi, Viddy hào hứng tham gia đến nỗi bỏ việc ở Neo WWW. Tuy nhiên, khi thắng cuộc thi, Viddy bị loại vì cuộc thi giới hạn trẻ em. Tức giận, Viddy bắt đầu biến nhân vật game của AyanoTech thành thỏ nhưng Lan và MegaMan can thiệp để ngăn cơn thịnh nộ của Viddy. Viddy trở lại cuộc sống ở Neo WWW.

25. Quà sinh nhật khủng khiếp

Đến sinh nhật của Tesla, cô mong muốn hơn bất cứ gì SynchroChip của riêng mình. Qua loạt tội ác, Neo WWW có thể lấy cho cô một cái, cô dùng nó để vượt qua Lan trong trận chiến. Cuối cùng, cậu được Cô Yuri giải cứu nhưng không trước khi cô có cuộc đoàn tụ đặc biệt với chị em song sinh Cô Mari.

26. Lâu đài tiểu hành tinh băng

Sharo và Brightland hợp tác sản xuất Viện Nghiên cứu CrossFusion nhưng Asteroid AirMan được cử đến phá hủy nó. Raika và Công chúa Pride cùng nhau ngăn hắn, chúng bị đuổi đến lâu đài bỏ hoang giữa bão băng, nơi nhiều bí mật của cuộc tấn công này được hé lộ. Raika cuối cùng đánh bại AirMan, Pride nhận Huy hiệu Duo của riêng mình.

27. Route-san thoát hiểm!

Lan gặp Route, chương trình hướng dẫn ở bảo tàng ô tô. Trong khi đó, tên tội phạm Ken phải ăn cắp xe để giải cứu bạn gái khỏi trùm băng đảng, hắn được trao Asteroid BrightMan để làm điều đó. Lan can thiệp nhưng bị BrightMan áp đảo nên Route hy sinh mình để giúp đánh bại Asteroid. Tuy nhiên, Route được hồi sinh từ dữ liệu dự phòng, hòa bình tạm thời được khôi phục.

28. Cú đấm hồng Maylu

Lan mệt mỏi vì liên tục chiến đấu với Neo WWW nên Dex quyết định muốn thực hiện CrossFusion, giúp trong trận chiến. Cậu đối đầu Famous, người dùng Rush để tạo Rush SynchroChip giúp điều đó khả thi. Dex và Maylu đi cùng Lan đến công viên khủng long, nơi Viddy tấn công nhưng Lan quá mệt để chiến đấu. Dex thử CrossFusion, thất bại nên để cứu ngày, Maylu thử. Đáng ngạc nhiên, cô CrossFuse hoàn hảo, giúp Lan đánh bại Viddy.

29. Người đàn ông phá két

Cuộc điều tra của Chaud ở Netopia chống người đàn ông tên Rat dẫn đến vài phát hiện gây sốc. Người đàn ông tên Jackass dùng cùng chiến thuật tội phạm mà Rat đã dùng nhưng cuộc tấn công của hắn cách đây hàng thập kỷ, Colonel chịu trách nhiệm ngăn hắn. Xét Colonel vẫn tồn tại ở hiện tại, Chaud suy ngẫm bản chất thật của nhân vật cậu. Chaud và Raoul cuối cùng bắt Rat, đánh bại Asteroid DrillMan của hắn nhưng không trước khi kế hoạch của hắn được thực hiện, khiến ổ khóa khắp thế giới đột nhiên mở.

30. Tesla - Tâm trí phức tạp của cô gái

Khi báo in tuổi của Tesla là ba mươi, cô nổi giận. Trong hội nghị chiến đấu robot, cô cướp robot tên Thirty, tấn công NetPolice. Sau trục trặc, robot lao nhanh theo Lan và Fyrefox qua Thành phố DenTech. Lan CrossFuse để chiến đấu với Tesla trong lúc Fyrefox cử MoltanicMan vào trong Thirty để ngăn nó tự hủy.

31. Phản công của Shademan

Qua nghiên cứu của Chaud, cậu biết thêm thông tin về Colonel và NetOp Baryl của cậu.[1] Trong khi đó, sự dịch chuyển thời gian, không gian hồi sinh ShadeMan ngay trước khi LaserMan xóa hắn trong Axess. Hắn chiến đấu với Lan và Chaud, Cô Yuri giúp đỡ, tiết lộ cô cũng có Huy hiệu của Duo. ShadeMan đoàn tụ với BubbleMan, bắt đầu âm mưu mới nhất để du hành hai mươi năm về quá khứ, trước khi mạng được tạo ra, tràn ngập thế giới bằng Darkloid. MegaMan cố ngăn hắn nhưng thất bại, bị cắn đau ở cổ khi ngã.

32. Trận chiến không-thời gian

MegaMan lao vào đường hầm không-thời gian, theo ShadeMan hai mươi năm về quá khứ. Ở đó, cậu gặp Colonel, hợp sức với cậu để cứu tương lai. Tuy nhiên, vết cắn mà ShadeMan để lại trên cổ MegaMan truyền năng lượng độc ác, biến linh hồn cậu thành bóng tối. Lan vội kết nối với MegaMan lại, hy vọng cài VaccineChip, khôi phục cậu. Cậu làm vậy ngay khi ShadeMan bị xóa, MegaMan xoay sở ngăn kế hoạch của hắn, đưa thời hiện tại trở lại bình thường. Khi MegaMan trở về thời của mình, năng lượng đen tách khỏi cơ thể cậu, biến mất.

33. Lời thề của Tomahawk

Shanka, cô gái từ bộ tộc của Dingo, yêu cầu trả lại cột totem bị đánh cắp về làng khi nó được phát hiện trong bảo tàng. Tuy nhiên, Viddy và Inukai ăn cắp cột totem cùng các vật hiếm khác nên Lan, Dingo và Shanka cùng nhau thu hồi di tích cổ. Cuối cùng, Dingo nhận Huy hiệu của Duo.

34. Ước lên ngôi sao...

Jasmine trở lại Thành phố DenTech để chăm sóc cá heo bị thương tên Hoshi (nghĩa là "ngôi sao"). Hoshi bị thương khi bị Neo WWW dùng để buôn lậu DarkChip. Lan, Yahoot, Dex và Jasmine hợp sức đánh bại Inukai và SavageMan trong âm mưu mới nhất. Cuối cùng, Jasmine nhận Huy hiệu của Duo.

35. Trận chiến nữ hoàng!

Ở trung tâm hội nghị, cuộc thi Cô Tiara được tổ chức với cơ hội cho các cô gái thắng vương miện vàng, nhiều cô gái từ Thành phố DenTech tham gia. Sự cạnh tranh nhanh chóng nảy sinh giữa Maddy và Tesla. Tesla cố ăn cắp vương miện nên Charlie xuất hiện can thiệp, mọi cô gái giúp Lan đánh bại Neo WWW. Cô Mari cuối cùng thắng cuộc thi, cả Charlie và Tesla nhận Huy hiệu của Duo.

36. Rockman khác

MegaMan có giấc mơ giật mình, nơi cậu giết bạn NetNavi, cậu lo lắng khi biết bạn mình bị thương đêm trước. Dù hệ thống của MegaMan kiểm tra bình thường, MegaMan bắt đầu gây rắc rối, dẫn đến việc bị bắt. Sau cuộc chia ly đầy cảm xúc, Lan nhận ra cậu không phải MegaMan, NetNavi lộ mình là Dark MegaMan. MegaMan thật đã bị Darkloid CosmoMan, LarkMan, BlizzardMan và CloudMan bắt. Cô Yuri giúp Lan giải cứu NetNavi của mình, ShadowMan thậm chí tái xuất để hỗ trợ. Darkloid do đó trốn thoát.

37. Pháo hoa cho Deko

Tiến sĩ Hikari nghiên cứu Huy hiệu của Duo, phát hiện những người được đánh dấu có chỉ số đồng bộ cao hơn, nghĩa là CrossFusion khả thi hơn với chúng. Trong khi đó, Yai đang lên kế hoạch tiệc pháo hoa nên cô thúc Lan đưa Fyrefox và Ông Match đến giúp lễ hội. Tuy nhiên, BlizzardMan và CloudMan tấn công với lệnh xóa MegaMan, chúng biến hội trường thành bão tuyết dữ dội. Lan, Dex, Ông Match, Dingo và Fyrefox cùng nhau vượt qua Darkloid, Fyrefox có thể xóa BlizzardMan ở thế giới thực bằng máy bắn pháo hoa. Fyrefox do đó nhận Huy hiệu của Duo.

38. Khí tượng tình yêu

Lan giới thiệu Maylu với Jasmine nhưng cô nhanh chóng ghen tị với mối quan hệ hai người đã phát triển. Được Duo đánh dấu, Lan và Jasmine có thể thấy sao chổi của Duo nhưng Maylu không thể. Tương tự, Meddy và Roll cạnh tranh tình cảm của MegaMan. Trong khi đó, nhà tiên tri tên Romeda muốn đưa ra dự đoán lớn nên NetNavi Asteroid NovaMan của cô khiến thiên thạch lao xuống Trái Đất. Maylu can thiệp, giúp Lan đánh bại NovaMan, ngăn thiên thạch. Cùng nhau, chúng đứng xem sao chổi của Duo, báo hiệu Maylu cũng nhận Huy hiệu của Duo.

39. Cross Fusion không thể!

Neo WWW tính toán kế hoạch ngăn việc tạo Vùng Chiều. SavageMan phá hủy Máy tạo Chiều của Sci-Labs nhưng cuộc tấn công xóa SavageMan, khiến Famous nhập viện. Rồi, vì nhật thực, việc nhận tín hiệu Vùng Chiều từ bên kia biển là không thể, Neo WWW bắt đầu tấn công khi Lan không thể CrossFuse. WWW gốc hợp sức với thủ lĩnh cũ là Tiến sĩ Wily để vạch kế hoạch chống Neo WWW. Chúng chứng tỏ chiến thắng, VideoMan cũng bị xóa.

40. Neo WWW bị tiêu diệt

Lan và Maylu thăm thang máy quỹ đạo vươn vào vũ trụ. Khi đến đó, tuy nhiên, chúng bị cuốn vào kế hoạch tiếp theo của Tesla khi cô cướp thang máy. Lan và Maylu dùng CrossFusion để chiến đấu với DesertMan và FlashMan, thành công xóa cả hai. Khi thành viên Neo WWW cuối cùng bị bắt, Tesla đột nhiên biến mất, ký ức của bốn thuộc hạ của cô bị xóa. Dark MegaMan đã bắt Tesla làm con tin trong nơi ẩn náu của cô.

41. Mệnh lệnh tối mật C.F.

Darkloid của Dark MegaMan xâm lược NetCity rồi trả đũa Lan ở thế giới thực, phá hủy SynchroChip của cậu. Để sửa nó, Lan đến Viện Nghiên cứu CrossFusion của Sharo, nơi Tiến sĩ Hikari đóng quân. Dọc đường, Darkloid lại tấn công nhưng Lan được Raika và Charlie giải cứu, cậu ngạc nhiên phát hiện Charlie giờ cũng đã CrossFuse.

42. Dưới sao chổi của Duo

Darkloid chiếm cỗ máy khai quật lớn, bắt đầu hoành hành qua Sharo. Để ngăn chúng, Thành viên CrossFusion hợp sức, kể cả Raika, Charlie, Dingo, Jasmine, Công chúa Pride và Fyrefox. Trong lúc chúng chiến đấu, SynchroChip của Lan bị Dusk, NetOp của ShadowMan, đánh cắp. Cô Yuri và SpikeMan can thiệp, Lan lấy lại chip nhưng khi Dusk trốn thoát, hắn nhận Huy hiệu của Duo. Darkloid trốn thoát, được tiết lộ rằng Tiến sĩ Regal đang chỉ huy Darkloid.

43. Công nhân Miyabi

Dusk là sát thủ được lệnh xóa MegaMan nhưng hắn do dự vì Huy hiệu của Duo đánh dấu cậu là đồng minh của Lan. Trong khi đó, tên cướp ngân hàng giống Dusk tên Kawase dùng Asteroid SwordMan trong tội ác nên Lan và Dingo can thiệp. Tiến sĩ Wily cho Dusk cơ hội sống cuộc đời riêng ngoài công việc sát thủ thuê bằng cách đưa hắn SynchroChip, với nó, Dusk CrossFuse, giải cứu bọn trẻ.

44. Mùa hè! Mặt trời! Trại huấn luyện!

Tiến sĩ Hikari và Famous đưa Thành viên CrossFusion cùng nhau ở bãi biển để huấn luyện đặc biệt nhưng buổi huấn luyện thực ra chỉ là kỳ nghỉ thư giãn dưới nắng để giúp xoa dịu thần kinh. Yai và Anetta cũng tham dự, cũng như thành viên WWW gốc. Băng đảng cuối cùng khám phá nhà ma, Maylu tiếp tục tranh Jasmine vì tình cảm của Lan.

45. Ký ức sao

Thành viên CrossFusion gặp Chaud để khám phá tàn tích cổ được phát hiện ở Netopia, nơi mang biểu tượng của Duo. Bên trong, hình ảnh hologram kể về chủng tộc ngoài hành tinh du hành đến hành tinh qua sao chổi của Duo, hủy diệt nền văn minh bị xem là nguy hiểm. Slur nổi giận vì anh hùng đã phát hiện quá khứ của chủng tộc cô, ra lệnh hủy diệt tàn tích. Bọn trẻ vừa kịp trốn thoát.

46. Huy hiệu bị truy đuổi

Thành viên CrossFusion vạch kế hoạch xâm nhập nơi ẩn náu của Neo WWW, giải cứu Tesla. Ngoài ra, Huy hiệu Duo của thành viên đã bí ẩn mờ đi, ba nạn nhân đầu tiên là Chaud, Raika và Công chúa Pride. Count Zap cũng hỗ trợ Ông Gauss giải cứu cháu gái. Để qua an ninh, thành viên phải quét tay. Nhưng khi vào trong, Darkloid Cloudman và LarkMan tấn công. Chiến đấu lên đỉnh, chúng đến Dark MegaMan, người tiết lộ Ông Gauss đã lừa thành viên vào tháp để đổi lấy Tesla. Quét tay đã đưa Dark MegaMan dữ liệu nằm trong Huy hiệu của Duo. Khi thành viên trốn khỏi tháp, Tesla CrossFuse, biến mất.

47. Tại sao bạn ở đây?

Charlie giật mình phát hiện Tesla đã ngủ trong căn hộ của mình. Trong khi đó, Dark MegaMan dụ Cô Yuri vào bẫy để ăn cắp Huy hiệu Duo của cô. Khi cô từ chối tuân theo, Tiến sĩ Regal sau đó xuất hiện, tự mình ăn cắp nó. Lan, Charlie và Tesla chiến đấu với Darkloid còn lại, xóa CosmoMan, buộc Dark MegaMan rút lui. Tiến sĩ Wily giải thích Tiến sĩ Regal cần dữ liệu trong Huy hiệu của Duo để có quyền truy cập sức mạnh trong sao chổi của Duo. Tiến sĩ Regal đã lên kế hoạch điều này hàng thập kỷ vì ông đã lấy Huy hiệu của Baryl hai mươi năm trước khi Baryl còn sống.

48. Đếm ngược đến tuyệt chủng

Asteroid bắt đầu xâm lược Trái Đất, Thành viên CrossFusion chiến đấu đẩy lùi chúng. Tuy nhiên, cho đến khi Slur bị đánh bại, số lượng sẽ chỉ tăng nên trong lúc thành viên chiến đấu với cuộc xâm lược Asteroid, MegaMan, ProtoMan, SearchMan và Colonel cắm vào để tự mình hạ Slur. Tuy nhiên, nỗ lực của chúng vô ích, Slur dễ dàng vượt qua chúng một mình.

49. Cuộc chiến của kẻ không liên kết

Ba mươi năm trước, sao chổi của Duo đã đâm xuống Trái Đất, Tiến sĩ Regal lên kế hoạch du hành qua không gian, thời gian để hấp thụ sức mạnh của nó. MegaMan, ProtoMan, SearchMan và Colonel vội qua thời gian để ngăn Dark MegaMan, người được cử đến giúp Tiến sĩ Regal có quyền truy cập sao chổi. Tuy nhiên, Dark MegaMan lên kế hoạch tự mình hấp thụ sức mạnh, thành NetNavi tối thượng nhưng Slur từ chối cho phép hắn làm vậy bằng cách xóa hắn. Trước khi mờ đi, Dark MegaMan tự hủy, ngăn Tiến sĩ Regal thành công. Anh hùng trở về nhà, tàn dư của Dark MegaMan tái hợp với linh hồn của MegaMan, MegaMan tha thứ cho hắn.

50. Colonel Barrel

Duo bắt đầu xóa sổ Trái Đất, để ngăn hắn, cả mười ba Thành viên CrossFusion phải hợp sức. Tuy nhiên, Baryl đã chết. Tiến sĩ Wily của quá khứ làm việc với Tiến sĩ Wily của tương lai để đưa Baryl qua thời gian, không gian bằng chương trình Spectrum. Khi Baryl đến thời của Lan, cậu nhận SynchroChip, dùng CrossFusion để giúp đồng minh hạ cuộc xâm lược Asteroid khác.

51. Hướng tới tương lai mới

Bass tái xuất, giờ được truyền sức mạnh của Nebula Grey, hắn xóa Slur. Trong khi đó, Tiến sĩ Regal có quyền truy cập sức mạnh của Duo, bắt đầu tấn công Trái Đất nhưng Duo giết hắn trước khi bắt đầu xóa sổ Trái Đất. Thành viên CrossFusion đến sao chổi của Duo, tránh diệt vong khi Trái Đất biến mất. Chúng đối đầu Duo, cầu xin hắn đảo ngược việc xóa sổ nhưng Duo không thể hiểu lời cầu xin, quan tâm đến CrossFusion hơn, công nghệ tương tự chủng tộc của hắn.