MegaMan NT Warrior

3. Rắc rối bong bóng

Lớp của Cô Mari sẽ đi dã ngoại đến Nhà máy Nước, trung tâm điều khiển chính cho mọi hệ thống nước ở Thành phố DenTech. Nhưng có vấn đề với đường ống! Kẻ phản diện mọt sách nhất trên Mạng là BubbleMan có kế hoạch độc ác biến mọi thiết bị trong thành phố thành đài phun nước lũ. Vùng Chiều hình thành quanh Nhà máy Nước, BubbleMan hiện hình để kiểm soát hệ thống. Lan và MegaMan CrossFuse để chiến đấu với tên cướp bong bóng nhưng sức mạnh của Fusion sớm thất bại. Anh hùng của chúng ta dường như có vấn đề giao tiếp, trừ khi Lan và MegaMan có thể làm việc cùng nhau thành đội, Thành phố DenTech chìm nghỉm!!

4. DoubleSoul!

Darkloid lại tái xuất! Khi năng lượng điện bắt đầu dâng khắp thành phố, NetSaver Lan và MegaMan được gọi điều tra. Chúng tìm thấy FlashMan trong nhiệm vụ đen tối chói lòa điên rồ! Kế hoạch của hắn? Quá tải, rồi rút cạn mọi mạch trong hệ thống! Sau khi đánh bại MegaMan trong trận chiến, FlashMan được ShadeMan thưởng DarkChip mạnh mẽ, tăng công suất cho cơn thịnh nộ. Roll xuất hiện, đánh lạc hướng FlashMan để MegaMan hồi phục nhưng nhanh chóng bị áp đảo. Ngay khi FlashMan sắp xóa MegaMan và Roll, cả hai mở khóa sức mạnh hoàn toàn mới gọi là "DoubleSoul", ngắt phích cắm của Darkloid suy đồi!

5. Suối nước nóng kim loại! Nóng quá!

Cô Mari đưa Lan và vài đứa trẻ khác đi dã ngoại đến Suối nước nóng Yokayoka cổ nhưng Lan thấy vui hơn khi NetBattle với nhân viên địa phương tên Tamako. Đó là, cho đến khi cậu phát hiện Tamako và NetNavi HeavyMetalMan của cô ám ảnh NetBattle đến nỗi không để Lan làm gì khác. Tệ hơn, kẻ phản diện ngớ ngẩn nhất trên Mạng là BubbleMan đã trở lại để trả thù MegaMan và Lan, dù phải mở Vùng Chiều để làm điều đó!

6. Trò bowling nguy hiểm

Cơn sốt bowling đang quét NetCity, khi Higsby thắng vé bowling, cậu thấy cơ hội hoàn hảo để cuối cùng đưa Cô Mari đi hẹn hò. Tất nhiên, cậu cần nhiều giúp đỡ từ Lan và Maylu chỉ để có buổi hẹn, rồi, lo xấu hổ khi bowling, cậu âm mưu với NumberMan để gian lận! Nhưng đó còn xa mới là tệ nhất. Bị nhiễm DarkChip, BowlMan bắt đầu tàn phá Thế giới Con người rồi thậm chí đến Thế giới Con người! Lan và MegaMan CrossFuse, xử lý hắn nhưng có vẻ mánh gian lận của Higsby khiến cậu mất điểm với Cô Mari. Đó là, cho đến khi cô tiết lộ cô sẽ đi hẹn hò khác với cậu.

7. Vườn mạng của diệt vong!

Ông Match trở lại thị trấn, nhưng đó là vấn đề nhỏ nhất của Lan! Thế giới Mạng đang bị tấn công bởi ác quỷ hoa với ham muốn rút cạn mọi Dữ liệu ở Thành phố DenTech, rồi cả thế giới! Khi máy tính, hệ thống giao thông và hầu như mọi thứ điện tử tắt ngúm, Đặc vụ Lan và MegaMan được gọi hành động để tìm cách ngăn cơn ác mộng thực vật nhưng MegaMan sớm bị mắc bẫy bởi kẻ phản diện dây leo VineMan. Trong nhiệm vụ riêng, HeatMan đột nhiên xuất hiện, giải phóng MegaMan nhưng bị hư hại nặng trong trận chiến. Khi Famous giúp Ông Match khôi phục dữ liệu của HeatMan, bằng cách nào đó tinh thần của TorchMan được hồi sinh trong quá trình! Khi MegaMan bước vào cuộc đối đầu cuối với VineMan, cậu sớm được TorchMan tham gia để DoubleSoul, chiên rau củ độc ác!!

8. Tình bạn trong gương

Lan kiếm được vé miễn phí cho mình và bạn bè để xem Trung tâm Khoa học Công nghệ mới trước Khai trương. Nhưng thực ra, cậu được Ông Famous cử đi trong nhiệm vụ bí mật để kiểm tra khả năng nhiễm virus. Lan không biết virus là cái bẫy do SavageMan và ShadeMan giăng để bẫy MegaMan nhằm trả thù nhưng cậu sớm phát hiện đủ nhanh. Cậu cũng biết, với DarkChip do Người đàn ông Bí ẩn gửi, sự trả thù lan sang Thế giới Con người, nơi virus và chính SavageMan đến sau Lan và bạn bè!

9. Dex trở lại!

Dex cuối cùng trở về nhà từ Đảo Jawaii, nơi nhiều tháng qua cậu huấn luyện với băng đảng cựu World Three để thành NetBattler tối thượng. Trong khi đó, mọi chuyện đang nóng lên ở Thành phố DenTech khi BurnerMan tung cơn hỗn loạn nóng bỏng khắp thị trấn. Darkloid đã làm tê liệt hệ thống khí đốt tự nhiên là một phần kế hoạch thống trị xấu xa của ShadeMan. Lan và MegaMan vào hành động nhưng bị Dex và GutsMan ngắt quãng, trong nhiệm vụ riêng để thử kỹ năng mới được cho là của chúng. Dex hợp sức với Lan để ngăn cơn thịnh nộ của BurnerMan nhưng chỉ vì cậu muốn tự mình đánh bại Lan! Liệu bạn cũ có thành kẻ thù mới, hay Dex chỉ choáng váng, bối rối?

10. Mối đe dọa của DarkChip

Có người đang bất hợp pháp phát DarkChip, BattleChip mạnh mẽ tăng sức mạnh NetNavi nhưng phá hủy kết nối của nó với NetOp, biến Navi thành Darkloid. Ông Famous giao Lan và MegaMan truy tìm chip bí ẩn. Khi cuộc điều tra diễn ra, Lan và MegaMan phải chiến đấu với NetNavi SpikeMan, chúng cũng chạm trán người phụ nữ trông y hệt Cô Mari, có thể là chị em song sinh độc ác của cô!

11. Két sắt không an toàn

ShadeMan và Người đàn ông Bí ẩn cần kim loại hiếm để tạo DarkChip là một phần kế hoạch độc ác chiếm thế giới. Nhưng kim loại quý bị khóa trong tòa nhà an ninh cao nên chúng tạo Vùng Chiều, cử BubbleMan vụng về đi ăn cắp nó từ két sắt. Khi hắn thất bại, BurnerMan nhận nhiệm vụ. Hắn hoàn thành nhiệm vụ, giao hàng cho sếp, chuẩn bị cho vụ trộm khác. Trong khi đó, Lan và MegaMan vào hành động để ngăn kẻ phản diện, chỉ phát hiện cách duy nhất vào Vùng Chiều là CrossFuse đúng thời điểm. Nhưng liệu chúng có thể hoàn thiện quy trình trước khi mọi kim loại hiếm quý bị đánh cắp?

12. Quy tắc ứng xử

Lễ hội Triển lãm Hàng không đã đến! Lan và MegaMan muốn tận hưởng nhưng kẻ phản diện cho thuê của Thế giới Mạng tên ShadowMan đã được Người đàn ông Bí ẩn thuê để phá hủy hệ thống quản lý giao thông Control X khắp thế giới, bao gồm cả hệ thống mới điều khiển Triển lãm Hàng không. Khi MegaMan vào hành động, cậu phát hiện NetNavi cứng rắn tên SearchMan cũng đang săn ShadowMan. Và SearchMan hoàn toàn sẵn lòng xóa bất cứ gì cản đường, kể cả MegaMan.

13. Cross Fusion cho mọi người!

Lan tìm thấy kho đầy DarkChip, cậu bắt đầu nghĩ mình là NetSaver xuất sắc nhất Trái Đất. Cậu chắc chắn sẽ dễ dàng tìm nhà máy đang chế DarkChip. Trong khi đó, Chaud có kế hoạch riêng để tìm nhà máy: cậu theo Cô Yuri. Ở kho, Lan tình cờ thấy nhà máy, cũng thấy DesertMan, người mạnh đến nỗi Lan và MegaMan không thể đánh bại. Ngay khi có vẻ xong đời với chúng, CrossFusion ProtoMan xuất hiện, giúp cứu ngày.

14. Công chúa bị đánh cắp

Lan không thể tin cha mình lại đưa SynchroChip cho Chaud nhưng đó chính xác là những gì Tiến sĩ Hikari đã làm. Và tệ hơn, ông tiết lộ Chaud và ProtoMan có CrossFusion mạnh hơn Lan và MegaMan! Lan phải chạy đi làm việc vặt cho Maylu nhưng hóa ra việc vặt chỉ là mánh của Yai để đưa Lan, Maylu, Cô Mari và Rush vào thang máy biến thành robot, bay chúng đến KingLand. Dữ liệu từ video game mới nhất của Ayano Tech đã bị đánh cắp, tùy thuộc vào Lan và bạn bè lấy lại!

15. Guts đáng kinh ngạc!

Khi Dex giao hàng cho quán cà ri của Yahoot ở Đảo Jawaii, khách hàng lừa cậu đổi thức ăn lấy hộp bí ẩn. Yahoot mắng cậu vì không thu tiền nhưng sớm phát hiện hộp có vẻ vô giá trị thực ra là máy NetWrecker mạnh mẽ, có thể thay đổi dữ liệu NetNavi, tăng sức mạnh, kích thước của nó đến mức không thể đánh bại! Khi Lan và băng đảng đáp xuống đảo để thăm, cậu và MegaMan sớm thấy mình trong NetBattle chống Dex và cỗ máy tuyệt vời của cậu! Trong nỗ lực cuối cùng đánh bại Lan, Dex tăng sức mạnh của GutsMan nhưng mất kiểm soát con vượn kim loại lớn, khiến GutsMan giẫm đạp qua đường phố với Roll làm tù nhân. "Guts Đáng kinh ngạc" này dường như không thể ngăn cản, tệ hơn, không ai biết cách biến cậu trở lại!!

16. Tất cả là cách bạn nhìn!

Higsby đã tổ chức giải đấu NetBattle của riêng mình nhưng có vẻ sẽ thành thảm họa. Chỉ Lan và bạn bè tham gia. Tệ hơn, Shuko, người có tiếng xui xẻo đến nỗi phá hỏng mọi thứ xung quanh, muốn tham gia. Xui xẻo của Shuko bắt đầu ảnh hưởng những người khác, cô thực sự thắng! Nhưng khi cô đi nấu cơm cô thắng làm giải nhất của giải đấu, cô biết điện của Higsby mất. Cô chắc chắn mình gây ra vấn đề, rất buồn. Để cổ vũ cô, NetNavi SpoutMan của cô đến nhà máy điện để sửa vấn đề. Nhưng khi SpoutMan bắt đầu khóc, nước mạng phun ra khắp nơi, đe dọa phá hủy không chỉ nhà máy điện mà cả toàn bộ Thế giới Mạng!

17. SavageMan trở lại!

Cô Mari đưa Lan và Maylu đến Triển lãm Quốc tế được tổ chức ở tòa nhà Tháp Biển mới tuyệt vời mọc lên giữa cảng nhưng chuyến thăm bị ngắt quãng khi đối thủ Net luôn sẵn sàng Tamako xuất hiện, khiêu khích Lan NetBattle. Nhưng sớm có sự ngắt quãng khác: SavageMan xuất hiện, được Người đàn ông Bí ẩn cử đến xử lý MegaMan và Lan để đổi lấy DarkChip hắn thèm khát. Thế lực độc ác lần này không đùa: chúng thậm chí cử Cô Yuri đến phá hủy Tháp Biển với anh hùng của chúng ta bên trong!

18. Người đàn ông từ Sharo

Lan xuất hiện để cứu xe tải bị kẹt trên đường ray nhưng cậu phát hiện người lạ đã xử lý tình huống. Sau đó, Lan gặp người lạ là Raika, NetSaver từ Sharo, và NetNavi SearchMan của cậu, người đã giúp MegaMan và Lan đánh bại ShadowMan trước đó. Raika không ấn tượng với Lan, cảm thấy cậu quá dựa vào SynchroChip, không đủ dựa vào trí thông minh. Và khi VideoMan tấn công, có vẻ Raika đúng: CrossFusion MegaMan không thể đánh bại VideoMan nhưng may mắn Raika phá hủy máy tạo Vùng Chiều, loại bỏ VideoMan trước khi hắn có thể xóa CrossFusion MegaMan.

19. Search Soul

Raika và Lan được lệnh làm việc cùng nhau để điều tra thứ có vẻ là ma đang cướp ngân hàng, tập đoàn. Không thể hòa hợp với nhau, chúng quyết định làm việc độc lập. Khi kẻ chủ mưu đằng sau vụ trộm hóa ra là DesertMan (người có thể tàng hình), MegaMan thấy mình gặp rắc rối lớn, đối mặt NetBattle khó khăn một mình. Trong khi đó SearchMan, trái lệnh của Raika, vào giải cứu MegaMan. Raika bị sốc vì SearchMan đã bất tuân lệnh. MegaMan có sức mạnh DoubleSoul mới là Search Soul, với nó, cậu đánh bại DesertMan.

20. Bí mật đen tối

Sau khi dùng DarkChip quá nhiều lần, Darkloid bắt đầu phụ thuộc vào chúng chỉ để hoạt động nên DesertMan đột nhập trụ sở NetPolice để ăn cắp vài DarkChip bị tịch thu. Lan và MegaMan vào hành động, xoay sở ngăn tên vô lại cát, bắt hắn. Tiến sĩ Hikari kiểm tra DesertMan, nói với những người khác rằng ông nghĩ Darkloid có thể thực ra là sáng tạo số mới tự tiến hóa, không giống mọi Navi khác, vốn ít nhất một phần do con người tạo ra. ShadeMan biết DesertMan bị bắt, cử FlashMan đi giải phóng hắn nhưng ShadeMan nhận ra FlashMan có thể cần chút giúp đỡ. Với sự hỗ trợ của Người đàn ông Bí ẩn, ShadeMan bắt Keifer và Manuela, đề nghị trả chúng để đổi lấy việc thả DesertMan.

21. Tham vọng của Shademan

ShadeMan, người nghi ngờ Người đàn ông Bí ẩn, âm mưu tự mình lấy DarkChip. Chẳng bao lâu, thông tin về DarkChip bị rò rỉ cho Manuela nhưng khi cô điều tra, cô bị chặn bởi Vùng Chiều bao quanh Phòng thí nghiệm Kho bí mật. CrossFusion MegaMan và CrossFusion ProtoMan đột phá rào chắn của Vùng Chiều nhưng chúng thấy đường đến chip bị GravityMan đáng sợ chặn. Cùng nhau, anh hùng của chúng ta đánh bại GravityMan nhưng chúng phát hiện, như ShadeMan, rằng lấy được DarkChip khó nắm bắt khó hơn chúng nghĩ nhiều.

22. Kế hoạch của BubbleMan

BubbleMan tin chắc mình có câu trả lời để đánh bại MegaMan: DoubleSoul. Điều duy nhất là, tình bạn thật là nền tảng của DoubleSoul, BubbleMan không có bạn. Không Darkloid nào sẵn lòng làm việc với hắn nên hắn đi tìm Navi mà hắn có thể lừa thành bạn. Chỉ hắn hoàn toàn sai, nghĩ rằng để kết bạn cần lấy dữ liệu từ chúng. BubbleMan tìm SpoutMan và IceMan, thuyết phục cả hai đi chơi với hắn, bước đầu để khiến chúng trao lòng trung thành. Khi MegaMan và những người khác gặp bộ ba kỳ lạ, BubbleMan lừa SpoutMan và IceMan chiến đấu với chính bạn mình!

23. Siêu sức mạnh của run rẩy

Đã có được máy tạo Vùng Chiều của Darkloid, SciLab đã mời Tiến sĩ Regal điều tra nguồn năng lượng bí ẩn của nó. Tiến sĩ Regal tìm cách tăng sức mạnh máy tạo nhưng rồi Darkloid tên SparkMan xuất hiện, dùng năng lượng của máy tạo để rút sức mạnh từ CrossFusion MegaMan và CrossFusion ProtoMan trong trận chiến! SparkMan thành công nhiệm vụ phá hủy máy tạo, bí mật của nguồn sức mạnh của nó lộ ra, nó chạy bằng dữ liệu từ NetNavi bị bắt.

24. Trận chiến magma

BubbleMan thành con tốt trong cuộc tranh giành quyền lực giữa ShadeMan và Người đàn ông Bí ẩn. Trong khi đó, Người đàn ông Bí ẩn cử BurnerMan trong nhiệm vụ gây phun trào núi lửa tàn phá. Địa điểm tình cờ ngay dưới suối nước nóng mà Lan và băng đảng đi nghỉ. Khi thị trấn nhỏ bắt đầu nóng lên, tan chảy, Chaud tham gia Lan để ngăn BurnerMan siêu nung magma sâu dưới đất, gây hỗn loạn nóng chảy lớn. Nhưng liệu NetSaver có thể ngăn kẻ thù lửa kịp?

25. VideoMan trở lại

VideoMan lừa MegaMan đến cửa hàng video rồi ghi lại chuyển động của cậu, sao chép hình ảnh của cậu. VideoMan sau đó chuyển hình ảnh của MegaMan sang băng video khắp thế giới để mỗi lần ai đó xem, bản sao MegaMan xuất hiện, gây rắc rối. Lan và Chaud cuối cùng tìm ra cách xóa băng bằng từ trường, và dưới dạng CrossFusion MegaMan và CrossFusion ProtoMan, chúng xóa mọi bản sao MegaMan, xóa cả VideoMan.

26. Sự trả thù của Anetta

Cô gái tên Anetta mất NetNavi trong quá khứ, cô bị dẫn đến tin rằng ProtoMan của Chaud là kẻ đã xóa cô. Cô làm việc với Cô Yuri và Darkloid để cố nhiễm DarkChip vào ProtoMan nhưng liệu cô có thành công?

27. Căn cứ bí mật của Nebula

Lan và Chaud đến căn cứ của Nebula, nơi Anetta bị giam làm con tin. Khi đến đó, tuy nhiên, ShadeMan hiện hình ở thế giới thực, chúng chiến đấu với hắn bằng Cross Fusion. Con tàu chứa căn cứ sắp nổ nên Lan và Chaud cần sơ tán... nhưng ở thế giới mạng, ShadeMan đang chiến đấu với MegaMan và ProtoMan. Chaud bị cám dỗ bằng DarkChip để giải cứu ProtoMan khỏi bị xóa nhưng liệu cậu có dùng nó?

28. Trái tim dao động

MegaMan cố an ủi Chaud, người vừa mất NetNavi ProtoMan. Trong khi đó, Lan được yêu cầu canh gác buổi trình diễn thời trang trưng bày công nghệ hologram mới đặc biệt. Maylu cũng ở đó nhưng mọi chuyện tệ đi khi Yuri cố ăn cắp công nghệ. SparkMan xuất hiện để giúp cô trong nhiệm vụ nhưng Chaud cũng đến để tự mình ngăn Yuri.

29. Chaud đấu ProtoMan

Chaud đang khó khăn đối phó với việc mất ProtoMan vào bóng tối nhưng Lan giúp an ủi cậu về mất mát. Sau đó, khi GravityMan và ProtoMan tấn công, Chaud buộc phải chiến đấu chống chính NetNavi của mình để bảo vệ dữ liệu NetSaver quan trọng trong lúc Lan xử lý GravityMan.

30. Yêu yêu Aquaman

Khi MegaMan giải cứu SpoutMan khỏi cuộc tấn công của Darkloid, SpoutMan bắt đầu thần tượng anh hùng mới, theo cậu khắp nơi khiến Roll ghen tị. Trong khi đó, BurnerMan tấn công, MegaMan phải chiến đấu nhưng SpoutMan và Roll cản đường. Cuối cùng, BurnerMan bị xóa khi MegaMan dùng SpoutSoul chống Darkloid.

31. Rác vũ trụ!

Yai lại cần bạn bè giúp đỡ. Vệ tinh AyanoTech bị rác vũ trụ bao phủ nên Lan và mọi người lên trạm vũ trụ làm từ rác để giải quyết vấn đề. Trong mạng của trạm, MegaMan gặp JunkDataMan, NetNavi chịu trách nhiệm cho mớ hỗn độn, hiểu lầm dẫn đến trận chiến giữa hai người.

32. Chỉ huy Beef trở lại!

Đặc vụ Mạng đã trở lại Thành phố DenTech, Lan bị sốc khi biết mọi người đã biết danh tính của chúng là Sal, Miyu và Maysa. Ông Gauss cũng trở lại thị trấn để thỏa thuận với Cô Yuri nhưng nhầm Cô Mari là cô, hắn bắt cô làm con tin. Chỉ huy Beef lao đi giải cứu người yêu khỏi nguy hiểm.

33. Cổng BattleChip

Lan gặp Misaki, người đầu tiên thử CrossFusion. Misaki dùng NetNavi PrismMan của mình để giúp bắt GravityMan. Tuy nhiên, Misaki bị ham muốn CrossFuse lấn át, Cô Yuri dùng ham muốn của cậu để dụ cậu vào bẫy. Trong khi đó, Chaud hỗ trợ Lan với Cổng Battle Chip để xóa GravityMan bằng Program Advance.

34. Truy nã: PrismMan

Misaki dùng sức mạnh của Dark SynchroChip để CrossFuse nhưng tác dụng phụ là trái tim con người của cậu tràn ngập bóng tối. Bị NetSaver bắt, chúng bắt đầu chữa lành cậu nhưng Cô Yuri khôi phục bóng tối của cậu khiến cậu trốn thoát. Lan chiến đấu với Misaki trong CrossFusion nhưng trận chiến khiến PET của Lan bị hư hại nặng.

35. Cuộc xâm lược lớn của Nebula!

Lan phải dùng chính cơ thể mình để giúp xây dựng lại MegaMan sau khi PET của cậu bị hư hại không thể sửa. Trong khi đó, Nebula cử NovaMan, BrightMan, SwordMan và FridgeMan tấn công nhiều địa điểm. Khi Lan vắng mặt, Raika làm việc với người bạn cũ Raoul để ngăn cuộc xâm lược. BrightMan bị xóa, những người khác rút lui.

36. PET mới

Tiến sĩ Hikari hoàn thành PET mới của Lan là PET II, khuếch đại khả năng CrossFusion nhưng việc cài đặt chưa hoàn tất. Tuy nhiên, Dark ProtoMan xâm nhập Sci-Labs để phá hủy PET (với MegaMan bên trong). Anetta lấy PET, Dark ProtoMan truy đuổi với Chaud bám sát để giải cứu cô. Chaud và Anetta cùng nhau bắt Dark ProtoMan nhưng NovaMan xuất hiện để hoàn thành công việc. Việc cài đặt trong PET II cuối cùng hoàn tất. Lan xuất hiện, dùng PET II, dễ dàng xóa NovaMan.

37. Navi đeo mặt nạ bí ẩn

Lan trở nên kiêu ngạo với sức mạnh mới của PET II nên Chaud và Raoul giả làm kẻ phản diện đội tóc giả afro để dạy Lan bài học. Tuy nhiên, SwordMan xuất hiện gây rắc rối, hắn vượt qua ThunderMan trong trận chiến. MegaMan dùng ThunderSoul để ngăn SwordMan.

38. Bay đến Đảo Shiisaa

NetNavi của Lan và bạn bè biến mất trong lốc xoáy gió, chúng truy lùng đến Đảo Shiisaa. Ở đó, chúng gặp Lily và NetNavi WindBlastMan của cô. Cô Yuri cũng xuất hiện trên đảo, hy vọng ăn cắp dữ liệu trong di tích cổ. Khi SpikeMan phá vỡ di tích, cơn bão lớn nổi lên trên đảo, dùng WindSoul MegaMan đánh bại Spikeman.

39. Đi địa ngục bằng tàu?

Lan và Chisao đang rời công viên giải trí trên tàu khi SparkMan tấn công mạng của tàu. Sal đã theo dõi NetNavi, cử WoodMan vào giúp MegaMan. Để xóa SparkMan, MegaMan và WoodMan kết hợp sức mạnh để tạo WoodSoul.

40. Anh hùng ngầm

Vùng Chiều đã xuất hiện trên nhà máy ở Sharo nên Raika gọi Lan giúp xâm nhập trái lệnh tướng của cậu. Bên trong, chúng gặp FridgeMan đang cố ăn cắp khoáng sản. Khi hắn bị đánh bại, Lan biết Raika chủ yếu cố giải cứu chú chó cưng bị mắc kẹt trong nhà máy.

41. Allgero

Trong lúc Lan vắng mặt ở Sharo, Chaud và Maylu cùng nhau điều tra sự biến mất của NetNavi từng tham gia N1 Grand Prix năm ngoái. Chúng gặp robot tên Allegro, cũng gặp lại Kid Grave, giờ bị Bass kiểm soát. Sau khi gây nhiều rắc rối, Bass loại bỏ Allegro bằng cách phá hủy CPU của cậu, từ chối đề nghị của Dark ProtoMan gia nhập Nebula.

42. Buổi hẹn đầu của Meiru

Sau khi mơ về việc thực hiện CrossFusion, Maylu ước làm điều đó, bảo vệ Lan thay đổi. Trong buổi hẹn cùng nhau ở công viên giải trí, SwordMan tấn công, Lan đánh rơi SynchroChip. Maylu nhặt nó, quyết tâm CrossFuse nhưng cô thất bại. Cuối cùng, Lan lại cứu cô nhưng mối quan hệ của chúng đã lớn lên.

43. Con quay và cháu

Ông già tên Tensuke muốn kết nối tốt hơn với cháu trai, người quan tâm đến NetBattle hơn tình yêu con quay của Tensuke. Lan và Maylu quyết định giúp Tensuke hoàn thiện kỹ năng NetBattle với NetNavi TopMan.

44. Tháp của MistMan

Trong kỳ nghỉ hè, Lan và Maylu tìm quanh thế giới con bọ cánh cứng, thấy mình trong tàn tích sa mạc cổ. Ở đó, chúng tìm thấy đèn thần triệu hồi MistMan, NetNavi thần đèn nhưng Cô Yuri, SwordMan và FridgeMan cũng tìm sức mạnh của MistMan. Cuối cùng, MistMan được giải phóng, giúp MegaMan xóa cả SwordMan và FridgeMan.

45. Rush bỏ chạy

Khi Maylu nhận mèo con mới, Rush cảm thấy bị bỏ rơi, bỏ chạy trên internet. Cậu kết bạn với virus cừu Maloko nhưng BubbleMan đang gây nhiễu điện khắp thành phố với hy vọng hồi sinh ShadeMan. Rush và Maloko can thiệp.

46. Trận chiến NetPolice vĩ đại

Dùng Control X, NetSaver lên kế hoạch xác định nơi ẩn náu không gian của Tiến sĩ Regal. Nhưng để ngăn kế hoạch, Nebula cử quân đội Darkloid từng bị xóa truy lùng chương trình. MegaMan, SearchMan và NetPolice xóa lại Darkloid trong lúc Dark ProtoMan thẳng đến chương trình mà Chaud và Anetta đang làm việc. Trong khi đó, Bass xuất hiện, hồi sinh ShadeMan.

47. Bắt Tiến sĩ Regal

Với sự giúp đỡ của Yai và bạn bè, Lan phóng lên vũ trụ để ngăn Tiến sĩ Regal trái lệnh NetSaver. JunkDataMan cũng tái xuất để giúp bọn trẻ bằng cách đưa MegaMan JunkDataSoul để dọn rác vũ trụ. Khi Lan đến trạm, cậu thay vào đó đối mặt Dark ProtoMan, sau trận chiến, trạm vũ trụ lao vào đường đâm xuống Trái Đất. Tuy nhiên, JunkDataMan có thể giải cứu bọn trẻ vào phút cuối.

48. Nhiệm vụ của Cô Yuri

Khi Cô Mari chứng kiến cái chết rõ ràng của Cô Yuri, cô tiết lộ sự thật về chị em song sinh mà cô bị tách ra từ nhỏ. Tuy nhiên, Cô Yuri sống lại, được lệnh giết chị mình. Cô bắt Misaki làm con tin, tiết lộ cô là hậu duệ siêu nhân của Duo, lực lượng liên thiên hà sẽ sớm đến Trái Đất. Lan và bọn trẻ can thiệp, cố ngăn Cô Yuri, người dùng Dark SynchroChip để chiến đấu nhưng cô bị lung lay chống Nebula. Cuối cùng, Dark ProtoMan xuất hiện, tấn công, được cho là giết cả Cô Yuri và Misaki.

49. ProtoMan trở lại

NetSaver và bạn của Lan đã vạch kế hoạch đưa ProtoMan trở lại từ bóng tối bằng VaccineChip. Dụ hắn vào bẫy ở khách sạn hoang, kế hoạch được thực hiện nhưng chip thất bại. Chaud thực hiện CrossFusion với Dark ProtoMan để cố chữa hắn, đưa cả hai vào thế giới ký ức, nơi chúng chiến đấu với bóng tối. Bóng tối cuối cùng được xoa dịu nhưng Chaud và ProtoMan đều nhập viện sau trận chiến.

50. Bóng tối đấu bóng tối

Được hồi sinh, ShadeMan lên kế hoạch trả thù Tiến sĩ Regal. Đầu tiên, hắn bắt Rush, dùng công nghệ của cậu để xuất hiện ở thế giới thực mà không cần Vùng Chiều. Hắn hoành hành qua Thành phố DenTech để tìm Tiến sĩ Regal nhưng Lan can thiệp. Tuy nhiên, khi Tiến sĩ Regal xuất hiện, ông tiết lộ tháp Bộ chuyển đổi Vùng Chiều, bao phủ toàn bộ hành tinh.

51. Cơn thịnh nộ của Tiến sĩ Regal

Tiến sĩ Regal dùng Dark SynchroChip để hợp nhất với NetNavi LaserMan của mình, rồi xé ShadeMan thành mảnh. Rồi, LaserMan cỡ khổng lồ bắt đầu tấn công thành phố khắp thế giới. Lan dùng DoubleSoul trong CrossFusion để chiến đấu với Regal nhưng nó làm cạn kiệt sức mạnh của cậu. CrossFusion ProtoMan tái xuất để giúp chiến đấu nhưng Regal tiến hành tấn công Sci-Labs. Tuy nhiên, lời cầu xin của linh hồn NetNavi (cung cấp năng lượng cho Bộ chuyển đổi Vùng Chiều) hồi sinh Lan, cậu đạt FullSynchro, hoàn toàn hủy diệt Tiến sĩ Regal. Với hòa bình được khôi phục, mọi người xem bầu trời đêm đầy sao băng, kể cả Cô Yuri, người tuyên bố "Khi một chương kết thúc, chương khác bắt đầu."